故事发生在一个人族、魔族和神族和平共处的世界之中。土见禀（杉田智和 配音）是一个非常平凡的男孩，自幼失去了父母的他和青梅竹马的好友枫（后藤邑子 配音）生活在同一屋檐下，虽然禀只将枫当成是妹妹一样疼爱，课时枫对于禀的感情早已经超越的了友情。
约四十年前，人类在火星发现史前文明“Aldnoah”科技。伴随着火星殖民进程与科技垄断主张，火星开拓民与地球之间的摩擦越发扩大。
20XX年，飞鹰纲木以兽人特训生的身份来到朝香麻理的班级，生活在一个兽人与人类共存的小镇。麻理初次遇到兽人，对这个存在感到困惑，但随着与他同班相处的时间逐渐增加，她开始注意到善良纯洁的纲木的魅力。
『间谍过家家』第2季动画最终话结尾预告「SEE YOU NEXT MISSION」
