故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天，因意外一名外星人从宇宙坠落。失去过往记忆的外星人“奥美迦”化身为地球人模样，被人称为“宙人”。他对人类充满好奇，积极地接触这些陌生的生命体。当神秘巨型生物接连出现时，尘封的记忆碎片被唤醒，宙人脱口而出“怪兽”二字。面对怪兽的威胁，强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼，与怪兽作战。随着故事推进，来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。
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2018年10月31日，熙熙攘攘的涩谷车站正值万圣节，人们欢庆佳节，此时突然一道帷幕落下，许多平民被困其中。现代最强的魔法师五条悟独自一人进入车站。然而，他却遭遇了诅咒者和被诅咒的亡灵，他们正密谋封印五条悟。虎杖悠仁和其他许多魔法师聚集在涩谷。史无前例的大规模诅咒交换——涩谷事件——就此爆发。随后，战斗升级为“死亡大逃亡”，这是由史上最恐怖的魔法师鸭则道策划的一场杀戮狂潮。涩谷事件之后，日本的十个结界殖民地沦为邪恶的巢穴。在这片混乱之中，特级魔法师奥骨雄太作为虎杖的刽子手，挡在了虎杖的面前。虎杖绝望地继续战斗。奥骨雄太毫不留情地将刀指向了他。诅咒带来的混乱愈演愈烈。同为师父的虎杖悠仁和奥骨展开了一场生死之战……
波特比是一种机械生物，就像电子宠物一样。它能吃，能睡，会玩，甚至可以帮主人干活。刚升上国一的花小金井云雀从常出现在她梦里的王子葛林邦席泰克那里，得到了一只名为传助的波特比。一群神秘的人试图抢夺传助，云雀惊奇的发现，传助竟变身成强有力的电子斗士击退了敌人。云雀的朋友也收到了同样的波特比。她们一起，组成了——秋叶原电脑组。
“我想起来了……”沉睡的记忆与真相即将觉醒。 故事以长野县为舞台，高人气角色“长野三人组”大和敢助、诸伏高明、上原由衣将登场亮相。当毛利小五郎警视厅时期同事“鳄鱼”遭遇意外，与致使大和敢助“独眼”的神秘雪崩案交织，无法兑现的承诺和独眼中的残像就此重叠。雪花飞舞，真相与爱意终将明晰！这一次，毛利小五郎将不再沉睡，与柯南、大和敢助等人携手探案，亲手揭开掩埋于雪山之下的秘密与真相
