这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
一半是人，一半是猩猩的新英雄！猩猩人和恐怖分子展开激烈冲突！ ！恐怖组织「动物解放同盟（ALA）」攻击生物科学研究所时，救了怀孕的黑猩猩，这只黑猩猩产下了半人半猩猩的「猩猩人」查理。 15年后，查理在人类双亲的扶养下，进入高中就读，认识了人类女孩露西。另一方面，ALA的所作所为越来越激烈，甚至计画要查理加入他们！
“我不拯救世界，只管杀哥布林。”据说这间边境公会里，有个只靠讨伐哥布林就升上银等（位列第三阶）的罕见案例……一名女神官成为冒险者后，首次加入团队，就在冒险中陷入了危机。而拯救了她的，正是这名人称“哥布林杀手”的男子。他不择手段，不辞劳苦，潜心扫荡哥布林。女神官被这样的他牵着走，公会的柜台小姐感谢他，儿时玩伴的牧牛妹等候他。一名森人（Elf）少女听闻他的事迹，也现身委托任务……
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大门大意外地遇到了亚古兽，两人见面就大打出手，亚古兽战败后称大门大 为大哥，但是数码特搜部队（DATS）不容许未受其队员管理的数码兽留存在这个世界上，必需送回数码世界，而后汤岛告诉大若加入DATS他就可以跟数码世界的强敌战斗，大因此加入DATS，与淑乃及托玛组成小组，一同解决数码事件。托玛发现日本的数码事件频率增加并非偶然，因此请假回到欧洲调查，发现根源来自于人类的七宗罪。而比丘兽的事情让大他们知道了其幕后黑手是究极体数码兽——墨丘利兽搞的鬼，也因此决定动身前往数码世界。而在数码世界，他们见到了一个人类小孩——郁人，他自称数码兽，对人类怀有怨恨。
升上二年级的泽村荣纯，终于拿下了春季甲子园的入场资格！目标仅仅是全国制霸！ ！名校终于复活。青道高中棒球社的极速进击开始！ ！
住在踯躅台的高中1年级生响裕太，某天醒来后失去了记忆。之后，裕太与旧电脑里显现出来的“Hyper Agent·古立特”相遇了。古立特告诉裕太“去完成使命”，而裕太则开始寻找这番话的意义以及自己的记忆。虽然对这一突发事件感到困惑，裕太仍然在同班同学内海将以及宝多六花、新条茜等人的帮助下过着每一天。然而，平稳的日常被突然现身的怪兽轻易地踏碎——。
